La historia del monasterio se inicia en 1187 cuando el rey Alfonso VII y su esposa Leonor, deseosos de convertir este lugar en Panteón de Reyes y digno retiro de gran numero de mujeres pertenecientes a la más alta aristocracia y a la realeza gracias al apoyo del papa clemente III y del abad de Citeaux, Guido, Llevar adelante una nueva función en Burgos dando lugar de Santa María la Real de las Huelgas. La iniciativa fue muy bien acogida convirtiendose pronto en una realidad.